三祖寺即乾元禅寺，是禅宗五大祖庭之一。相传南朝梁武帝时宝志禅师与白鹤道人斗法得胜，卓锡开山建寺，外建七小塔。三祖僧璨禅师得二祖慧可传法后，承达摩衣钵云游至此，隐居天柱十五年，扩建寺院，选场建坛，讲经传法，三祖寺因此名扬长江两岸。
三祖寺原名山谷寺，又称乾元禅寺，坐落在风景秀丽的天柱山中，为苍峰环绕、万翠环抱，确是灵山圣地。南朝梁天监四年，宝志禅师在此开山建刹，初名菩提庵，武帝萧衍赐额「山谷寺」。隋文帝开皇十年，僧璨正式驻锡山谷寺；炀帝大业二年，僧璨法师於寺前法会大树下为四众说法时，合掌立化，葬於寺後。唐玄宗天宝四年，舒州别驾李常把僧璨法师遗骨火化，得舍利三百粒，以百粒塑僧璨法师像，出己俸建舍利塔。自唐宋以来，三祖寺一直是禅宗南派舒州一方的丛林，按丛林规制而容纳十方僧众，其主持人须由住寺僧众公认，由十方名德的合适者担任，故三祖寺史属「十方丛林」。
寺院距今已有一千五百年的历史，屡废屡兴，历经沧桑。保存下来的古建筑有藏经楼、觉寂塔、立化亭、三高亭等，近年来又逐步修建恢复了其他殿堂、僧舍。寺内当年遗留下来的三祖洞、立化塔和佛教着作《信心铭》被誉为镇寺三宝。寺内主要建筑有山门、大雄宝殿、觉寂塔（俗称「三祖寺塔」）、藏经楼等。寺院周围有许多名胜，如宝公洞、三高亭、立化亭、锡杖井等。一九七九年，政府有关部门拨款整修了觉寂塔。一九八二年修复了藏经楼。一九八三年，该寺被定为汉族地区全国重点寺院。
特色景观
觉寂塔
乾元禅寺最有特色的建筑是觉寂塔，又称三祖寺塔。三祖僧璨火化后得五色舍利三百粒，以百粒捐奉建塔，并在塔下层塑三祖僧璨像。塔在唐武宗灭佛时被毁，唐宣宗大中初年（847年）复修。宋明年间也屡加修建。现塔分7层，高达9丈。每层有四站相对，两虚两实，有阶梯可逐层登塔，每层外有环卫，凭栏远眺四周景色。塔中尚存明嘉靖三十四年（1555年）寺僧了莹修复时所立碑纪。塔顶相轮高1.5丈，为宋乾道八年（1172年）所立，有相轮九节，上为葫芦形铁圈，下为壶形宝瓶，瓶颈部有佛家咒语四行。中间五节如轮镂有几何花纹。底部相轮似锅反扣，上铸铭文170字，记载了舒州怀宁县玉照乡（今潜山县梅城一带）佛教徒黄氏及胡仲明舍铁铸塔顶之事。塔顶相轮以一木柱串起，直立在塔的上部，八条铁练由塔顶系向八方，上系串串挂铃，微风吹过，叮当作响，十分悦耳动听。
三祖洞
三祖洞内有一方石雕三祖画像。他身材板实，肩披袈裟，双手捻珠。他那宽阔饱满的前额，慈祥和蔼的双目、微微佝偻的身躯，表明他学识渊博，睿智非凡，且又饱经风霜，历尽艰难。这就是佛教发展史上的伟大人物僧璨。
立化塔
路旁一座3米高的圆形砖塔叫立化塔。公元606年，僧璨在寺前法会大树下为信众传经讲法时，合掌立化，这塔就是为纪念僧璨说法立化而建的。这座塔的建筑风格很别致，圆身尖顶，竹节底座，近似蒙古喇嘛塔，在汉地很少见，大概是元代所建。塔身外圆中空，内供佛像，供人凭吊。
三高亭
这座石亭，是明代潜怀两县的何氏后裔为纪念他们的先人何氏三兄弟而建的“三高亭”。何氏三兄弟名何求、何点、何胤，是南梁时潜山的隐士。他们授官不做，终身不仕，归隐天柱，着书讲学。凤形山是他们家的私宅。他们把凤形山献与宝志，供他建刹。后人为纪念他们的高风亮节，在此建“三高亭”。另建有“三高门”、“三高书院”，后毁。该亭高3.5米，东西跨度3米，南北距2米，全部采用块石架造。亭顶部是以平薄石板铺成，亭脊两端饰以石雕鱼尾状翘角，脊中有一石塑佛像。南北亭檐下，立有重修的两方碑记。此亭是颇有特色的建筑。
宝公洞
穿过三高亭，向右前往宝公殿。这是为纪念当年宝志开山而建的，殿的正中供奉着宝志肩扛锡杖的立身铜像。再沿石级而上，右前方的翠竹林中，就是当年宝志栖身习静的“宝公洞”，洞内立有明代弘治年间的“宝公开山之记”的石碑一方。现于宝公洞前新建“宝公亭”，供游人凭吊和小憩。
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